Protokol musí mať svoju štruktúru, formu a obsah. Nesmie nič z toho chýbať, mal by byť napísaný tak, aby keď niekto chýba a chce pokus realizovať, môže si od teba požičať protokol a vie pokus zopakovať po tebe tak, ako si ho robil ty. 

Obsahuje tie to časti:

Základné údaje - meno autora protokolu, dátum vykonania laboratórnej práce, ročníky a iné.

Názov protokolu - stručne charakterizuje podstatu vykonávaného experimentu, hlavný cieľ realizácie danej laboratórnej práce, spoločný motív vykonávaných pokusov alebo ich spoločnú podstatu, ktorá sa má vykonaním experimentu zvládnuť. Je to vlastne téma, ktorou sa zaoberáme, na ktorú treba myslieť pri celom protokole, čiže aj keď ideš písať záver, tak sa najprv zamysli, čím sme sa zaoberali

Úlohy - sú zadané na začiatku práce

Pomôcky - zoznam potrebných prístrojov a pomôcok potrebných na realizáciu experimentov.

Teoretický úvod alebo princíp práce - obsahuje vysvetlené základné pojmy, základné teoretické princípy, na ktorých je experiment postavený, mala by obsahovať všetky vzorce, teoretické predpoklady, aké budú očakávané výsledky pokusu, grafy a schémy.

Pracovný postup - stručný zápis jednotlivých operácií (zapísaný v bodoch), v poradí v akom sa budú vykonávať. Má byť heslovitý, ale výstižný, istú zručnosť a inteligenciu u čitateľa môžeme predpokladať :) (nemusíme napr. vravieť - do pravej ruky zober pravítko, prilož, ...), ale mal by vystihovať všetky použité metódy a postupy

Meranie a výpočty -  zápis nameraných hodnôt musí byť prehľadný, najlepšie v tabuľkách, všetky namerané a vypočítané veličiny musia byť označené jednotkou, každá nameraná veličina bola nameraná s istou presnosťou, čo by malo byť zo zápisu jasné. Výpočty sa uvádzajú v prehľadnej forme. Musia obsahovať všetky výpočty potrebné na uskutočnenie danej práce.

Zhodnotenie a záver - pred tým, ako začneš vyhodnocovať pokus, pozri sa na názov protokolu a úlohy. Je dôležité uvedomiť si, čo sme očakávali a nakoľko sa naše predpoklady splnili. Komentár však vždy musí byť konkrétny (vždy sa snaž uviesť ku komentáru čísla, napr.: Predpoklad, že rýchlosť vláčika bude rásť sa potvrdil, ale rýchlosť nerástla rovnomerne, pretože za prvých 0,1s stúpla o 0,2m/s, kým za druhých 0,1s stúpla o 0,3m/s...). V závere je potrebné vyhodnotiť presnosť merania, okomentovať ju, prípadne navrhnúť presnejší postup. Ak sa niečo vôbec nepodarilo, neznamená to, že protokol nemôže byť na jednotku! Pri písaní záveru treba mať nadhľad nad problematikou.

V závere by teda mali byť odpovede na otázky:

-       čo sme mali merať

-       čo sme zistili

-       s akou presnosťou sme to zistili

-       ako dosiahnuté výsledky súhlasia s teóriou alebo tabuľkovými hodnotami

-       prípadne, ako by sa dali dosiahnuť lepšie výsledky.